Kê khai thuế ngành y: Cần giải pháp sát thực tế, tránh “một mẫu cho tất cả”

Tại Hội thảo “Bồi dưỡng kiến thức về thuế, hóa đơn điện tử và các giải pháp hỗ trợ chuyển đổi thuế khoán sang kê khai” do Hiệp hội Y học phối hợp Cục Thuế TPHCM và Viettel tổ chức ngày 29/11/2025, hàng trăm bác sĩ và chủ phòng khám tư nhân đã tham dự, đặt ra nhiều câu hỏi xoay quanh quy định thuế mới.

Hàng trăm đại biểu là lãnh đạo Hiệp hội, khách mời, các y bác sĩ là hội viên về tham dự Hội thảo “Bồi dưỡng kiến thức về thuế, hóa đơn điện tử và các giải pháp hỗ trợ chuyển đổi thuế khoán sang kê khai”

Nhiều bác sĩ cho biết họ ủng hộ việc đóng thuế, nhưng đề nghị phương pháp tính phải phù hợp đặc thù ngành. Theo bác sĩ Võ Thị Đem, "Chúng tôi không ngại đóng thuế nhưng phải sòng phẳng", không thể lấy toàn bộ doanh thu để tính thuế. Vận hành phòng khám phải chi rất nhiều khoản: mặt bằng, nhân sự, thiết bị, vật tư tiêu hao… nên cần tính trên lợi nhuận hoặc trừ khoản chi phí hợp lý.

Bác sĩ cũng phản ánh nhiều phòng khám gặp khó vì phần mềm kê khai thuế hiện nay được thiết kế theo dạng “đồng phục”, chưa phù hợp với những ngành có đặc thù cao như y tế. Bác sĩ Đem đề nghị cơ quan thuế và đơn vị phát triển phần mềm khảo sát thực tế, xây dựng bản dùng thử trước khi triển khai rộng rãi.

Đại diện Viettel TPHCM cho biết số phòng khám chưa dùng phần mềm kê khai vẫn còn lớn. Đơn vị cam kết tiếp tục điều chỉnh ứng dụng theo nhu cầu đặc thù của ngành y, nhất là khi hạn chuyển đổi chỉ còn khoảng 30 ngày.

Ở nhóm phòng khám nha khoa, nhiều chủ cơ sở lo ngại giá vốn quá cao khiến doanh thu lớn nhưng lợi nhuận nhỏ. Ngoài ra, việc phân loại dịch vụ, điều trị hay thẩm mỹ, cũng gây băn khoăn vì ảnh hưởng trực tiếp đến thuế suất. “Một ca khám có thể vừa trám sâu vừa tẩy trắng. Vậy đâu là điều trị, đâu là thẩm mỹ?”, một chủ phòng khám đặt câu hỏi.

Trước lo lắng “thuế kê khai có tăng hay không”, các chuyên gia cho biết: thuế phụ thuộc vào minh bạch doanh thu và quản lý chi phí. Bộ Tài chính đang xem xét phương án tính thuế dựa trên “doanh thu trừ chi phí hợp lý” như mặt bằng, nhân sự, máy móc… Khi chuyển sang kê khai, phòng khám cần lưu đầy đủ hóa đơn, chứng từ và dùng tài khoản ngân hàng riêng.

Ông Nguyễn Hoàng Sơn - Phó Chủ tịch Hội Tư vấn và đại lý thuế TPHCM nhận định hình thức khoán hiện nay khiến phòng khám phải nộp thuế cố định hàng tháng, kể cả khi doanh thu giảm do bác sĩ bận trực. Với kê khai, thuế sẽ phản ánh đúng doanh thu thực tế, “rõ ràng và công bằng hơn”.

PGS.TS.BS Nguyễn Thị Ngọc Dung - Chủ tịch Hiệp hội Y học TPHCM cho rằng, những thay đổi về thuế và quá trình số hóa tại phòng khám (bệnh án điện tử, chữ ký số…) đang đòi hỏi bác sĩ phải chủ động trang bị kiến thức quản lý. Nắm rõ quy định mới sẽ giúp cơ sở y tế vận hành ổn định, minh bạch, hạn chế sai sót và nâng cao chất lượng chăm sóc bệnh nhân.

Sự kiện cũng dành nhiều thời lượng để các nhóm chuyên gia từ Cục Thuế, Viettel TPHCM và ngân hàng trình bày ba nội dung trọng tâm: chính sách thuế mới, giải pháp phần mềm hỗ trợ chuyển đổi, và các giải pháp tài chính cho phòng khám. Không khí đối thoại sôi nổi cho thấy vấn đề thuế đang là mối quan tâm lớn của các phòng khám tư nhân trong giai đoạn chuyển đổi.